A mártírokat az 1958. április 24-én kivégzett Szilágyi Józseffel, Nagy Imre titkárságvezetőjével és a börtönben 1957. december 21-én elhunyt Losonczy Gézával, a Nagy Imre-kormány államminiszterével együtt 1989. június 16-án helyezték végső nyugalomra a rákoskeresztúri köztemető 301-es parcellájában.
A koncepciós perek áldozatainak rehabilitációja és az újratemetés a rendszerváltó időszak szimbolikus és katartikus eseménye volt. Az 1996. évi LVI. törvény rendelkezett Nagy Imre és mártírtársai emlékének törvénybe iktatásáról – olvasható a hirado.hu-n.
A forradalom bukása után tisztségéről lemondani nem hajlandó, az egyezkedést elutasító Nagy Imrét és vádlott-társait 1958. február 6-án a nyilvánosság teljes kizárásával állították bíróság elé. A vád a népi demokratikus államrend megdöntésére irányuló szervezkedés kezdeményezése és vezetése, hazaárulás, a szocialista államrenddel szembeni fellépés, ellenséges politikai csoportosulás volt.
Losonczy Géza a börtönben éhségsztrájkba kezdett, és 1957. december 21-én, tisztázatlan körülmények között meghalt. A minden együttműködést megtagadó, nyílt tárgyalást követelő Szilágyi József ügyét elkülönítették, 1958. április 22-én halálra ítélték, két nappal később kivégezték.
A többi vádlott büntetőperét a Legfelsőbb Bíróság Népbírósági Tanácsa Vida Ferenc elnökletével június 9. és 15. között folytatta le. A zárt tárgyalás végén Nagy Imrét, Maléter Pált és Gimes Miklóst halálra, Kopácsi Sándort, a Nemzetőrség főparancsnok-helyettesét életfogytiglani, Donáth Ferencet, a Magyar Szocialista Munkáspárt (MSZMP) Ideiglenes Intéző Bizottságának tagját 12 év, Jánosi Ferenc lelkészt, Nagy Imre vejét 8 év, Tildy Zoltán volt államfőt, a Nagy Imre-kormány államminiszterét 6 év, Vásárhelyi Miklóst, a kormány sajtófőnökét öt év börtönre ítélték.
A halálos ítéletet június 16-án hajnalban a Gyűjtőfogház udvarán hajtották végre. Nagy Imre, Maléter Pál és Gimes Miklós holttestét előbb a börtön udvarán, majd 1961-ben a Rákoskeresztúri új köztemető 301-es parcellájának egyik jeltelen sírjába temették el, a nyilvántartásba hamis neveket jegyeztek be. A “Nagy Imre és társai ellen lefolytatott büntetőeljárásról és az ítéletről” szóló közleményt 1958. június 17-én hozták nyilvánosságra, ekkor jelentették be Szilágyi és Losonczy halálát is.
A kivégzések harmincadik évfordulóján, 1988-ban a Történelmi Igazságtétel Bizottság (TIB) felhívást intézett a társadalomhoz az 1956 utáni megtorlás áldozatainak erkölcsi, politikai és jogi rehabilitációja érdekében. Június 16-án mintegy négyszázan koszorút helyeztek el a 301-es parcellában, és felolvasták a megtorlások 244 áldozatának névsorát, ugyanezen a napon a párizsi Pére Lachaise temetőben a családtagok jelenlétében felavatták Nagy Imre jelképes sírját.
1989. június 16-án a nemzeti gyász és megemlékezés napján, a gyász fekete és fehér színeinek drapériájával bevont Műcsarnok lépcsőjén ravatalozták fel Nagy Imre, Maléter Pál, Gimes Miklós, Losonczy Géza és Szilágyi József koporsóját, valamint a tragédia minden mártírját és hősi halottját jelképező hatodik, üres koporsót. A gyászszertartáson mintegy 250 ezer ember búcsúzott a mártíroktól, a szónokok – Vásárhelyi Miklós, Rácz Sándor, Mécs Imre, Zimányi Tibor, Király Béla és Orbán Viktor – Nagy Imre harcostársai és a koncepciós perek túlélőinek nevében is beszéltek.
A Legfelsőbb Bíróság Elnökségi Tanácsa 1989. július 6-án – azon a napon, amikor Kádár János, az állampárt első embere meghalt – a legfőbb ügyész törvényességi óvása nyomán Nagy Imre és társai ítéletét hatályon kívül helyezte, az elítélteket posztumusz, bűncselekmény hiányában felmentette.
